- Зависимость от конъюнктуры: "мейнстримные" работы цитируются лучше, легче, чем пионерские.

- CI зависит не только от научного уровня, но и от PR-активности ученого (конференции, контакты).

- CI имеет разную цену для разных областей науки.

- Тех, кто имеет позицию на Западе цитируют больше.

- Критика ошибочных работ приносит немало цитирований

- Проблема соавторов. Как считать индекс - делить на всех? Но почти всегда кто-то один сделал основную работу. Хорошо если авторы идут не по алфавиту...

- Самоцитирования. Ими можно нагнать весьма немалый индекс - сотни. Отсечь их технически тяжело.

- Проблема экспериментальной физики высоких энергий, где понятие авторов публикации изжило себя благодаря существующей практике. Что делать с алфавитными "братскими могилами" на сотни человек?